O κόλπος του Μούδρου είναι ένα από τα ασφαλέστερα φυσικά λιμάνια της Ελλάδας και της ανατολικής Μεσογείου. Το μέγεθος του κόλπου, η θέση στο κέντρο του νησιού, οι πολυσχιδείς ακτές του, η ασφάλεια και η προστασία που παρέχει από τους ανέμους και η άριστη σχεδόν κατάσταση του περιβάλλοντός του, συγκροτούν ένα σημαντικής αισθητικής και οικολογικής αξίας οικοσύστημα. Συνιστά επίσης έναν αξιόλογο βιότοπο με πλούσια ιχθυοπανίδα. Τη σπουδαιότητα του Κόλπου του Μούδρου επισήμαναν οι κατακτητές του νησιού και πολλοί περιηγητές.

Η περιοχή του Μούδρου κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια. Στο νησάκι Κουκονήσι εντοπίστηκαν οικοδομικά λείψανα και εργαλεία που χρονολογούνται από την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού ως τα Μυκηναϊκά χρόνια (3.200 π.Χ - 12ος αι. π.Χ.). Η πρώτη αναφορά του οικισμού γίνεται τον 14ο αιώνα σε έγγραφο της μονής Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους (1355) και σε δυο χρυσόβουλα του αυτοκράτορα Ιωάννη Ε' Παλαιολόγου "περί του εν Λήμνω Μούδρου" (1362 και 1380). Το νεότερο χωριό άρχισε να αναπτύσσεται τον 19ο αιώνα. Την περίοδο του μεσοπολέμου εγκαταστάθηκαν στο χωριό Μικρασιάτες πρόσφυγες και ήταν το πρώτο εξαγωγικό λιμάνι της Λήμνου.