Κεντρική ιδέα της μόνιμης έκθεσης είναι η ιστορική αφήγηση για την στρατηγική σημασία του κόλπου του Μούδρου και η σύνδεσή του με τα μεγάλα  ιστορικά ελληνικά και διεθνή γεγονότα, καθώς αποτέλεσε  βάση  του ναυτικού αγώνα των Ελλήνων για την απελευθέρωση των νησιών του Αιγαίου και ορμητήριο  των Συμμάχων του Α΄παγκόσμιου πολέμου για τις  πολεμικές επιχειρήσεις του ανατολικού μετώπου της Αντάντ και ιδιαίτερα της μάχης της Καλλίπολης.  Ο Μούδρος και γενικότερα η Λήμνος καταλαμβάνει μεγάλο μέρος στη συλλογική μνήμη των  Αυστραλών και Νεοζηλανδών,  του στρατιωτικού σώματος  ANZAC, που ξεκίνησαν από τη Λήμνο για τη μάχη της Καλλίπολης, ενώ πολλοί νοσηλεύτηκαν στα νοσοκομεία και θάφτηκαν στα κοιμητήρια  που είχαν αναπτυχθεί  γύρω από τον Μούδρο.

Η Λήμνος στην αυγή του 20ού αιώνα	Ο κόλπος του Μούδρου και ο οικισμός	Η καρδιά του ναυτικού αγώνα στο Αιγαίο (1912-1913)
Ο Μούδρος στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο		Η Λήμνος στην περίοδο των μεγάλων αλλαγών (1912-1923)